1998. aastal viis Leedu psühholoog Grazina Gudaite Praktilise Psühholoogia Erakooli raames läbi sissejuhatava kursuse C. G. Jungi analüütilisest psühholoogiast. Kursusel osalenutel tekkis sügavam huvi jungiaanliku psühholoogia vastu ning nad otsustasid luua Eesti Jungi Seltsi, mis 2000. aasta veebruaris ka registreeriti. Meie tegevust asus toetama Rahvusvaheline Analüütilise Psühholoogia Assotsiatsioon  (IAAP) ning arengugrupi  ametlikeks kuraatoriteks määrati Taani analüütikud Misser Berg ja Lisbet Myers Zacho.

2001. aasta sügisest hakati tegelema seltsi liikmete koolitamisega ning aastatel 2001-2004 viisid IAAP analüütikud Misser Berg, Lisbet Myers Zacho ja Valborg de Gier Thornfeldt Taanist läbi analüütilise psühholoogia baaskoolituse. IAAP poolt aktsepteeritud analüütik on pakkunud seltsi liikmetele personaalset analüüsi alates aastast 2002.

Koolitustegevuse parema korraldamise eesmärgil loodi seltsi liikmete poolt 2002. aastal Analüütilise Psühholoogia Erakool, mis Haridus- ja Teadusministeeriumi tunnustusel on läbi aastate korraldanud koolitusi rahvusvaheliselt tunnustatud analüütikute poolt Taanist, Leedust, Inglismaalt, Šveitsist, USAst ning Iisraelist.

2008. aastal muudeti seltsi nime, Eesti Jungi Seltsist sai  Eesti C. G. Jungi Analüütilise Psühholoogia Selts. 2015. aasta alguses muudeti veel kord seltsi nime, uueks nimeks sai Eesti Analüütilise Psühholoogia Selts.

Seltsi liikmeskond jaguneb laias laastus kaheks. Ühe osa moodustavad edasijõudnud, nn ruuterid (nimetus tuleneb inglise keelsest väljendist router ehk teel või lähetuses olija), kelle eesmärk on saavutada rahvusvaheliselt tunnustatud analüütiku kvalifikatsioon. Teise osa moodustavad C. G. Jungi mõtetest ja analüütilisest psühholoogiast huvitunud liikmed, kelle peamiseks motivatsiooniks on eneseareng.

Lisaks koolitustegevusele käib igakuiselt koos raamatuklubi, kus arutleme mõne ühiselt valitud raamatu teemadel.